Seminar| Institute of Mathematical Sciences
Time: Thursday, November 16th, 2023 , 16:00-17:00
Location：IMS, RS408
Speaker: 郑小琪 上海交通大学医学院
Abstract: 临床获取的肿瘤组织往往由一些异质性的细胞类群组成，这些细胞类群的组成及其相互作用对于肿瘤的发生发展及临床治疗都具有重要意义。空间转录组测序可以在得到基因表达数据的同时获取细胞的空间位置信息，为肿瘤异质性的研究提供了有力工具。本次报告将介绍基于DNA甲基化芯片数据的肿瘤异质性分析方法，主要包括肿瘤纯度估计方法InfiniumPurify，考虑肿瘤纯度的差异甲基化分析方法InfiniumDMC和肿瘤样本聚类方法InfiniumClust。空间转录组数据分析方面，我们将介绍一个基于模型的空间转录组数据模拟算法Spider，以及考虑空间位置信息的空间转录组快速降维算法GraphPCA。